La petite hydraulique se démarque en matière d’émissions de gaz à effet de serre (équivalents CO2/kWh) par rapport aux autres agents énergétiques: les petites centrales hydroélectriques dites classiques que l’on trouve au niveau des cours d’eau génèrent des émissions très faibles (seulement 4,9 g d’équivalents CO2/kWh). Seules les plus grandes centrales au fil de l’eau affichent des valeurs légèrement inférieures.
Si la production actuelle de la petite hydraulique devait être remplacée par de l’électricité européenne, plus de 900 000 t d’équivalents CO2 seraient libérées. Cela correspond à environ un tiers des émissions de gaz à effet de serre de l’ensemble du transport de marchandises en Suisse (camions de livraison et poids lourds, 2021, OFEV). En effet, chaque kilowattheure qui n’est plus produit par la petite hydraulique entraîne une augmentation de plus de 220 g des émissions de CO2 dues à l’électricité importée nécessaire.