Les aspects économiques de la petite hydraulique ont changé au fil du temps. Jusqu'en 2005, elle était soutenue par le financement des frais supplémentaires (FFS). Le prix d'achat était alors fixe et s'élevait à 15 centimes par kilowattheure (voir 16 ct/kWh). Ce soutien prendra fin en 2035, alors qu’aujourd’hui environ un tiers des petites centrales hydrauliques en bénéficient encore.
Le FFS a ensuite été remplacé par la rétribution à prix coûtant (RPC) ensuite appelée système de rétribution de l’injection (SRI). Le calcul du taux de rétribution est devenu plus complexe et se basait alors sur la puissance, la hauteur de chute et l'ampleur des aménagements hydrauliques.
Le système a été de plus en plus limité : A partir de 2017, de nombreuses petites centrales hydrauliques ont été exclues du soutien. Et fin 2022, la RPC a été remplacée par une contribution d’investissements.
Ainsi, rares sont aujourd’hui les centrales hydrauliques qui bénéficient des mêmes soutiens. L'eau est certes la même, l'électricité produite aussi, mais certaines centrales hydrauliques reçoivent une rémunération plus élevée que d'autres.