Dès lors qu’une petite centrale hydroélectrique est installée sur le tronçon d’un cours d’eau, celui-ci n’est plus intact. C’est pourquoi l’objectif déclaré des propriétaires de petites centrales hydrauliques est de créer, à proximité immédiate des installations, un habitat qui se rapproche le plus possible d’un cours d’eau naturel, tout en augmentant la résistance aux effets du changement climatique.
Les cours d’eau sont des biotopes sensibles, dont la petite hydraulique tient compte.