En principe, les coûts de production de la petite hydroélectricité dépendent de nombreux facteurs : en particulier de la puissance et de la hauteur de chute utilisable, mais aussi de la variabilité du débit, de la géologie/hydrogéologie, de la qualité de l'équipement, de l'accès, des exigences supplémentaires, des synergies, etc. Chaque petite centrale hydroélectrique est unique et les coûts de production varient donc fortement d'un projet à l'autre.
La petite hydroélectricité est une technologie très durable avec de nombreuses composantes structurelles. Si l'on considère une durée de vie similaire à celle d'un bâtiment, soit 50 ans et plus (pour les grandes centrales hydroélectriques, on considère généralement 80 ans), les coûts de production sont très compétitifs. Si la durée de vie est réduite à la durée de la concession (c'est-à-dire à 25 ans) ou moins, les coûts augmentent en conséquence.
Il faut également tenir compte du fait que la petite hydroélectricité, grâce à son fonctionnement régulier et à sa bonne prévisibilité, entraîne beaucoup moins de coûts du côté du réseau : pas de stockage, moins de capacité réseau requise et moins de besoin en énergie de compensation. Ces facteurs entraînent des coûts élevés qui sont négligés dans l'affirmation initiale.
