Kleinwasserkraftwerke schneiden bei den Treibhausgasemissionen (ausgedrückt in CO2-Equivalenten/kWh) im Vergleich zu anderen Energieträgern besonders gut ab: «Klassische» Kleinwasserkraftwerke an Flüssen verursachen sehr geringe Emissionen von nur 4,9 g CO2-eq/kWh. Einzig grössere Laufwasserkraftwerke unterschreiten diesen Wert noch geringfügig.
Müsste die heutige Produktion aus Kleinwasserkraftwerken durch europäischen Strom ersetzt werden, würden über 900’000 t CO2-eq freigesetzt. Das entspricht etwa einem Drittel der Treibhausgasemissionen des gesamten Schweizer Güterverkehrs (Liefer- und Lastwagen, 2021, BAFU). Denn jede Kilowattstunde, die nicht mehr durch Kleinwasserkraftwerke produziert wird, führt zu gut 220 g höheren CO2-Emissionen durch den dafür erforderlichen Importstrom.