Methangas entsteht bei der Verrottung von organischem Material unter Sauerstoffausschluss, also etwa dann, wenn in tiefen, stehenden Gewässern Baumstämme verrotten. Wenn das Wasser nicht zirkuliert, ist der Sauerstoff in diesen tiefen Schichten irgendwann aufgebraucht und der sogenannte anaerobe Abbauprozess beginnt. Das passiert in grossen Speicherkraftwerken und wurde insbesondere in tropischen Regionen nachgewiesen, nicht aber in unseren Breitengraden.
Laufwasserkraft, und vor allem die Kleinwasserkraft, hat keine grossen Stauseen, die Methan in relevanter Grössenordnung ausstossen würden. Laufwasserkraftwerke stehen an Fliessgewässern, dadurch ist immer ein Zustrom an Sauerstoff über frisches Wasser gegeben. Somit ist die Frage des Methanausstosses bei der Kleinwasserkraft zu vernachlässigen. Die Mikroverunreinigungen sind das viel grössere Problem.
Viele Gewässer des Mittellandes und der Talebenen sind mit Mikroverunreinigungen belastet. Mikroverunreinigungen überschritten im Jahr 2020 ihren in der Gewässerschutzverordnung (GSchV) festgelegten ökotoxikologischen Grenzwert. Nur in fünf der 33 untersuchten Gewässer wurden die Grenzwerte eingehalten.
BAFU, Gewässer in der Schweiz, 2022