Ein Kleinwasserkraftwerk muss – wie jedes Wasserkraftwerk – die Umweltgesetzgebung vollständig einhalten. Bei neuen Projekten prüft der Kanton, ob die Stromproduktion in einem guten Verhältnis zu möglichen Beeinträchtigungen von Natur und Landschaft steht. Projekte mit negativen Auswirkungen auf die Gewässerökologie müssen diese so weit wie möglich mindern oder durch Ausgleichsmassnahmen kompensieren. Andernfalls werden sie nicht genehmigt.
Die ökologischen Bedürfnisse werden sorgfältig berücksichtigt: Fischauf- und -abstieg ermöglichen eine freie Fischwanderung. Mit Fein- oder Horizontalrechen und Fischleiteinrichtungen wird verhindert, dass Fische in Richtung der Turbine schwimmen. Die Menge an Restwasser ist oft sogar grosszügiger bemessen als bei grossen Kraftwerken. Grosse Wehrklappen sorgen dafür, dass das Geschiebe am Boden des Gewässers flussabwärts transportiert wird.
