Grundsätzlich hängen die Gestehungskosten bei der Kleinwasserkraft von zahlreichen Faktoren ab: Insbesondere von der Leistung und der nutzbaren Fallhöhe, aber auch von der Abflussvariabilität, der Geologie/Hydrogeologie, der Qualität der Ausrüstung, der Erschliessung, zusätzlichen Auflagen, Synergien, etc. Jedes Kleinwasserkraftwerk ist ein Unikat und die Gestehungskosten variieren daher stark von Projekt zu Projekt.
Bei der Kleinwasserkraft handelt es sich um eine sehr langlebige Technologie mit vielen baulichen Komponenten. Wird ähnlich wie bei einem Gebäude mit einer Nutzungsdauer von 50 Jahren und mehr gerechnet (bei grossen Wasserkraftwerken rechnet man wird in der Regel mit 80 Jahren), dann resultieren sehr konkurrenzfähige Gestehungskosten. Wird die Nutzungsdauer auf z.B. die Konzessionsdauer (d.h. auf 25 Jahre) oder noch weniger reduziert, ergeben sich entsprechend höhere Kosten.
Zusätzlich ist zu berücksichtigen, dass die Kleinwasserkraft aufgrund ihres regelmässigen Betriebs und ihrer guten Prognostizierbarkeit viel weniger Aufwand auf der Netzseite verursacht: keine Speicher, weniger erforderliche Netzkapazität und geringerer Bedarf an notwendiger Ausgleichsenergie. Gerade diese Faktoren verursachen hohe Kosten, die in der eingangs erwähnten Behauptung vernachlässigt werden.
